Le Centre a également pour mission de veiller au respect des droits fondamentaux des étrangers, d’éclairer les pouvoirs publics sur la nature et l’ampleur des flux migratoires et de développer la concertation et le dialogue avec tous les acteurs publics et privés concernés par les politiques d’accueil et d’intégration des immigrés. Le Centre est en outre chargé de stimuler la lutte contre la traite et le trafic des êtres humains.
Au niveau des Nations unies, le Centre est accrédité comme Institution nationale des droits de l’Homme (INDH) de type B.
En 2014, le centre se transformera en 2 centres:
- Centre interfédéral pour l'égalité des chances
- Centre fédéral de la migration